Les différences en terme de processus 

Les états membres peuvent étudier la possibilité de tenir compte de l'enregistrement dans le cadre de l'EMAS conformément au présent règlement lors de la mise en œuvre et du contrôle du respect de la législation environnementale, afin d'éviter, tant aux organisations qu'aux autorités compétentes chargées de veiller au respect de la législation, toute duplication d'effort (Article 10). Cette possibilité offerte par ce nouveau règlement a déjà été mise en œuvre dans certains pays de la Communauté comme l'Allemagne. 

Les organisations qui participent à l'EMAS peuvent utiliser un logo spécifique (Article 8). Les références iconographiques à l'ISO 14001 sont nombreuses et variées car elles émanent des différents organismes de certification. La référence à un logo unique améliore la visibilité de la reconnaissance.

Après l'audit du système de management environnemental mené par un vérificateur ou un organisme de vérification agréé, la demande d'enregistrement est faite par le candidat à l'ACFCI (ACFCI, Service Environnement, 45 Avenue d'Iéna - BP 448-16 - 75769 Paris Cedex 16). Pour l'ISO 14001, l'organisme de certification auditeur possède son propre comité de certification.